本校實驗林現轄內茅埔、和社、對高岳等三個營林區，行政區域上大部分隸屬於南投縣信義鄉範圍內，周邊涵蓋了數個不同的部落，這些部落大部分屬於布農族及少數鄒族，包含了以下幾個部落：

羅娜村（Luluna），是布農族的部落。

東埔村（Tungpu daigaz），為布農族部落。

卡里布安村（Kalibuan），為布農族部落。

望美村（久美）（Mahavun/Mamahavunna），這個部落由鄒族和布農族組成。

新鄉村（Sinapalan），是布農族的部落。


本校實驗林前身為東京帝國大學附屬臺灣演習林，成立之時其東境全以陳有蘭溪中心線為界。後來為配合總督府集團移住政策，曾撥出25及30林班附近部份林地設置原住民保留地。民國16年臺灣總督府為有效管理散居全省高山地區之原住民，強制推行集團移住政策，欲將實驗林轄區附近的原住民，遷移到內茅埔、楠仔腳萬與沙里仙溪一帶集中管理，函請演習林能歸還該部分之林地。案經總督府與演習林多次協商結果，於民國21年，東京帝國大學終於同意，歸還楠仔腳萬與沙里仙溪一帶計約2,800公頃之林地，由總督府設置為「蕃人所要地」，至於內茅埔一帶則未歸還。此即為現今實驗林25與30林班附近原住民保留地之前身，其中楠仔腳萬方面即今之新鄉、久美與羅娜一帶，面積約2,000公頃；沙里仙溪方面即今之東埔對岸一帶，面積約800公頃。