本實驗林組織規程經於民國96年第九次修正，置處長1人、副處長2人，由校長聘任之。為達成多目標之經營目的，管理處下設六組二室，各組置組長、室置主任1人，所轄林地包括溪頭、清水溝、水里、內茅埔、和社、對高岳等六個營林區，另為增進木材利用並提供學生實習之良好設備及場所，尚設有木材利用實習工廠（一處）。其行政組織如下圖。
於民國96年度精簡技士3人，均改置為研究人員，從21人增至24人，目前有副研究員4名、助理研究員11名、研究助理10名，本處增聘研究人員之目的，希望能提升本實驗林之研究風氣與水準。
截至民國102年12月底為止，計有職員工計165名，其中含研究人員25名、技術人員24名、行政人員12名、約聘(約用)人員39名、技工（工友）65名，在人力精簡之後，職員工仍能同心協心，展現最佳的工作績效。